馬祖列島位於臺灣海峽西側，由36座島礁組成，星羅棋佈於閩江口外，串連為一海上明珠。堅硬的花崗岩是大地天賦的素材，丘陵起伏、岩岸蜿蜒，構成馬祖的基礎地形特色。而遠從6,000年前新石器時代史前人類的島嶼生活遺跡、漢朝閩越族避走海外形成海洋民族、清初閩東沿海漁民和少數泉州人蜂湧移居，就地取材、打石砌牆、圍牆築屋，在各個澳口沿等高線形成依山的聚落，構成了現在馬祖獨特的聚落型態；至國共內戰，馬祖成為軍事重地，銘刻上坑道、碉堡、標語、砲臺等戰地烙印，在山陵起伏下，是一條條坑道的交織，密度為全世界之冠。
馬祖戰地文化是全世界從「熱戰」到「冷戰」，以致於邁向目前「和平共處」階段，保存最完整、最佳的示範點，更是全球獨一無二的戰爭文化遺址。德國柏林圍牆只留小段供人憑弔；南北韓38度線處於準戰爭狀態；越南前南、北越鴻溝消滅殆盡；馬祖對岸的馬尾對峙期間設施也已幾無保存。加上馬祖閩東文化之搭配，更是獨步全球的優勢。
另外，原被生態界以為已經絕種的「黑嘴端鳳頭燕鷗」，2000年再度在馬祖被發現，迄今統計全世界僅存50多隻黑嘴端鳳頭燕鷗，其中有20多隻出現於馬祖，是目前全世界最多者。
馬祖
1949年，閩江、舟山群島相繼失守，美軍見留守大陳島後勤線將會過長不易長期防守，建議國民政府放棄大陳島等地，轉進金門、馬祖，對於大陸福建沿海任何軍事行動皆可提前掌控，扼守其要點，馬祖列島便成為國共抗戰的最北端防線，次年成立「馬祖行政公署」，實行軍事管制，但在這期間，行政組織相當不穩，軍事部隊事權也不統一，因此，為減少權力機關層級繁複，使權力集中，於1956年設立了「戰地政務委員會」，簡化行政層級，事權統一，軍方強勢的控管著一切事務，居民生活嚴重受到監控，管制其人口外流，並將居民納入軍事管理，建立民防組織，遂由原先安平樂業的漁村，一躍成為冷戰時期反共前哨堡壘，作為民主世界與共產政權的最前哨，馬祖實有其重要的歷史意義。
馬祖雖未經歷重大砲火摧殘,但歷史留下的軍事遺跡，卻成為我們最珍貴的文化資產。金馬戰地文化於2009年獲遴選為臺灣17處潛力點之一。
回溯馬祖列島開發歷史，遠至六千年前約當新石器時代，就有史前人類在島嶼上過著漁獵和採集的生活。從東莒島大坪隴考古遺址出土文物研究，證實與福州地區的曇石山遺址同屬一個文化層，跟後來的閩越文化圈，又有相當程度的關聯性。至今馬祖人仍舊保留著蛇和青蛙的圖騰信仰，濃濃的閩越文化遺風，已經沈潛於島民生活的底層，常顯現於祭典上，表露出馬祖人報本原始的情結和質樸的一面。
漢武帝剿滅閩越國後，一批不願歸降的閩越族遁走海上，成為最早的海洋民族，這樣偉業卻被歷代皇朝貶為「蜑民」階級。馬祖人稱呼蜑民為「曲蹄仔」，馬祖有許多曲蹄仔開發和出沒的澳口，因此有「曲蹄澳」的地名。史載馬祖曾有兩次海禁，進行封島焦土並將島民內徙：一次在1387年，因防制倭人為禍；另一次在1661年，為防止東南沿海居民接濟鄭成功軍隊。
海禁卻困不住馬祖人冒險犯難的海洋性格。清初，閩東沿海漁民和少數泉州人仍蜂湧移住澳口，汲汲營造家園。於是就地取花崗岩，打石砌牆、圍牆築屋，在各個澳口沿等高線形成依山的聚落。如今，「一村一澳口」的聚落型態構築了獨特的聚落景觀。而堅實的花崗岩牆體和滿佈壓瓦石的屋頂，造就馬祖鮮明的建築風格。方正的「一顆印」民居和醒目的廟宇封火山牆，相映成趣。
聚落內，村民習於操弄福州語腔調，世代傳頌澳口保護神：「白馬尊王」的守土聖跡；傳統生活仍如以往，村民依歲時節氣敬神祭祖，日復一日形塑著閩東人文的風采。而原是村民自家釀製的老酒，今日成為公營酒廠的招牌，名聲遠播。
1947年，國共內戰情勢慘烈，國民政府節節敗退，中共揮軍南下，國民政府將軍隊部署於東部沿海一帶的島嶼，企圖封鎖華中地區與福建廣東沿海一帶對外聯絡，建立防禦陣線，以嵊泗列島鎖住長江與上海，以舟山群島鎖住淮河與東海漁場，以馬祖列島控制閩江口流域，以金門封鎖廈門。
1968年起，馬祖地區國軍基於攻防一體之戰略指導與作戰任務需要，在南竿、北竿、西莒及東引，以人工一刀一斧、日夜不停趕工方式，在堅硬的花崗岩中開鑿出「北海坑道」、「安東坑道」、「午沙坑道」這些供登陸小艇使用之坑道碼頭，藉以保持戰力於九天之下，坑道密度為世界之冠，形成特殊的戰地景觀。馬祖島上充滿「反攻大陸」、「蔣總統萬歲」、「爭取最後勝利」、「軍民合作」、「枕戈待旦」等標語，以及馬祖各式各樣地下石室、坑道、射口、砲臺、廚房、廁所等防禦工事軍事據點。這些冷戰時期戰地文化景觀，反映了當時特殊的時空情境，加上燈塔、民間信仰廟宇及碑碣，符合世界遺產登錄標準第二及第四項。
馬祖獨特的戰地文化，兼具從「負面世界遺產」(對抗、戰爭、悲劇)走向「正面世界遺產」普世價值(和解、和平、喜劇)的教育示範與啟示作用，代表人類追求和平共存的普世價值，符合世界遺產登錄標準第三項。